Prokuratura Europejska jest instytucją powołaną do prowadzenia dochodzeń w przestępstwach przeciwko budżetowi UE i oszustw w zakresie podatku VAT. Główne zadania Prokuratury Europejskiej to walka z oszustwami co do wydatków i przychodów budżetu UE (w tym Funduszu Odbudowy), korupcją kosztem funduszy unijnych, praniem pieniędzy wyłudzonych z budżetu UE oraz z przekrętami VAT-owskimi, jeśli są ponadgraniczne (co najmniej dwa kraje) i potencjalnie na co najmniej 10 mln euro. Jednak Polska jako jedno z nielicznych państw, do tej pory nie przystąpiła do Prokuratury Europejskiej. Organ ten może również prowadzić dochodzenia i ścigać wszelkie inne nielegalne działania, które są „nierozerwalnie związane” z przestępstwami przeciwko budżetowi UE.
Polskie Ministerstwo Sprawiedliwości nie chce, aby Polska dołączała do Prokuratury Europejskiej. Swoje stanowisko argumentuje tym, iż np. w kwestii zwalczania oszustw związanych z VAT, to kraje członkowskie mają uprawnienia do wykrywania i ścigania przestępstw.
Należy w tym miejscu wskazać, że funkcję pomocniczą w zakresie ochrony interesów finansowych i budżetu UE, pełni również unijne rozporządzenie 2020/2092 z 16 grudnia 2020 r. (tzw. „pieniądze za praworządność”). Rzecznik praw obywatelskich Adam Bodnar i jego zastępca dr hab. Maciej Taborowski, wskazali, że polska prokuratura – zależna od ministra sprawiedliwości –znajdzie się bezpośrednio pod lupą Komisji Europejskiej, tym samym jej działania mogą spowodować wstrzymanie wypłat z budżetu UE.
Aby przystąpić do Prokuratury Europejskiej, wystarczy złożyć deklarację członkowską. Jednak Ministerstwo Sprawiedliwości jest stanowczo przeciwne przystąpieniu Polski do Prokuratury Europejskiej, argumentując swoje stanowisko, „tendencją UE do przejmowania zadań, leżących w gestii organizacji krajowych, ograniczania tym samym kompetencji państw członkowskich i doprowadzania do zagrożenia utraty władztwa prokuratur poszczególnych państw.”
Mimo iż Polska nie przystąpiła do Prokuratury Europejskiej, deklaruje swoją gotowość do współpracy z tym organem.
W polskim ustawodawstwie planowane są zmiany w kodeksie postępowania karnego umożliwiające pracę pomiędzy Polską a Prokuraturą Europejską. Projekt przewiduje dodanie do Kodeksu postępowania karnego po art. 615 artykułu 615a w następującym brzmieniu: „Przepisy rozdziałów 62, 62c, 62d, 63, 65b, 65d i 67, a także przepisy rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady 2018/1805 z dnia 14 listopada 2018 r. w sprawie wzajemnego uznawania nakazów zabezpieczenia i nakazów konfiskaty stosuje się odpowiednio do współpracy między organami postępowania karnego a Prokuraturą Europejską.”