Realizacja projektu powinna odbywać się zgodnie ze złożonym wnioskiem o dofinansowanie. W przypadku konieczności dokonania zmian w planowanym przedsięwzięciu, np. tak jak ma to miejsce przy projektach badawczych, powinny one być zgłoszone doradcy beneficjenta. Należy tego dokonać ze stosownym wyprzedzeniem, tak aby doradca miał możliwość zgłoszenia potrzeby zmian Instytucji Wdrażającej, a także dokonać renegocjacji warunków realizacji projektu.
Jako główny błąd przy realizacji projektów współfinansowanych ze środków UE można wskazać system komunikacji. Kolejnym błędem jest terminowość określona w podpisanej umowie. Istnieje jednak możliwość korekty w zakresie terminu jaki zakresu rzeczowego w podpisanej umowie o dofinansowanie czy dokumentacji aplikacyjnej. Bardzo często jednak terminy nie są dotrzymywane przez samych beneficjentów, przy czym Instytucje Wdrążające nie są informowane co do przyczyny nieterminowości. Skutkiem takiego zaniechania może być właśnie wypowiedzenie umowy o dofinansowanie.
Istnieje wiele błędów popełnianych przez beneficjentów. Błędy te wynikają najczęściej z braku wiedzy specjalistycznej, którą powinien wesprzeć beneficjenta jego doradca.