Instytucje Wdrażające zażądały zwrotu wypłaconego dofinansowania w przypadku 34 % zawartych umów. Wśród beneficjentów, od których zażądano zwrotu dofinansowania, są również tacy, którym wcześniej wypowiedziano umowy o dofinansowanie (ok. 15% wszystkich zawartych umów)
Spór pomiędzy Instytucją Wdrażającą, a Beneficjentem prowadzi do konieczności ustalenia charakteru prawnego umowy o dofinansowanie, czy jest to spór, którego rozwiązania można dochodzić na drodze cywilnej, czy jednak w ramach postępowania administracyjnego.
Umowa o dofinansowanie nie ma charakteru czysto cywilnego, m.in. dlatego że:
- Beneficjent nie ma wpływu na treść umowy: umowa zawierana jest na podstawie wzoru udostępnianego wraz z ogłoszeniem konkursu,
- środki przekazane Beneficjentowi na podstawie umowy o dofinansowanie mają charakter środków publicznych, a reżim wydatkowania tych środków obejmuje również wkład własny beneficjenta,
- obowiązki beneficjenta związane z realizacją dofinansowanego projektu wynikają nie tylko z umowy, ale także z prawa publicznego (kontrola, utrzymanie trwałości projektu, przechowywanie dokumentacji) – są to obowiązki wiążące go niezależnie od tego, czy postanowienia w tym zakresie zawarte zostaną w umowie.
Ponadto, Naczelny Sąd Administracyjny z jednym ze swoich orzeczeń opowiedział się za stanowiskiem, że nie wszystkie elementy umowy o dofinansowanie mają charakter cywilnoprawny. Umowy takie posiadają także charakter władztwa administracyjnego – zwrot dofinansowania następuje w drodze decyzji administracyjnej (Uchwała NSA z dnia 27 października 2014 r., sygn. akt II GPS 2/14).
Sama procedura zwrotu dofinansowania uregulowana jest w ustawie z dn. 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych i tak jak już wcześniej wspomniano, zwrot następuje w drodze decyzji administracyjnej, wydanej przez Instytucję Wdrażającą, która jest instytucją pośredniczącą II stopnia.