W procesie dotacyjnym, spór powstaje najczęściej na gruncie wypowiedzianej umowy o dofinansowanie. Spory powstałe z wypowiedzianych umów o dofinasowanie stają się coraz częściej przedmiotem postępowań cywilnych, o ustalenie bezskuteczności oświadczenia woli o wypowiedzeniu umowy złożonego przez Instytucję Wdrażającą. Również na podstawie przepisów postępowania administracyjnego są prowadzone sprawy w wyniku powstałych sporów. Ich przedmiotem jest wydana przez Instytucję Wdrażającą decyzja o zwrocie uzyskanego dofinansowania.
Warto zaznaczyć, że w przypadku sporów dotacyjnych, istnieją również sprawy z zakresu prawa karnego. W sprawach tych przedmiotem postępowania jest tzw. „oszustwo dotacyjne”, kwalifikowane na gruncie art. 297 §1 kodeksu karnego. W praktyce również uwidaczniają się próby naruszenia zasad konkurencyjności w oparciu o art. 305 kodeksu karnego, czyli tzw. zakłócanie przetargu publicznego.
Spór o zwrot dofinansowania zazwyczaj przebiega według określonego schematu, który dzieli się na trzy kluczowe etapy:
- Etap I o charakterze stricte cywilnoprawnym (m.in. zgłoszenie naruszenia przez beneficjenta obowiązków umownych; wypowiedzenie umowy o dofinansowanie; wezwanie beneficjenta do zwrotu dofinansowania)
- Etap II to postępowanie administracyjne (w wezwaniu, o którym mowa powyżej Instytucja Wdrażająca zamieszcza informację o tym, że wezwanie to należy rozumieć w świetle art. 207 ustawy o finansach publicznych; po upływie 14 dni od wezwania wydaje decyzję o zwrocie dofinansowania; od decyzji przysługuje zażalenie do właściwej Instytucji Zarządzającej).
- Etap III to postępowanie sądowo-administracyjne (po wydaniu ostatecznej decyzji utrzymującej w mocy decyzję Instytucji Wdrażającej o zwrocie dofinansowania, przysługuje skarga na tę decyzję do WSA; WSA ocenia prawidłowość postępowania przed organami administracji publicznej (instytucją zarządzającą); WSA utrzymuje w mocy lub uchyla zaskarżoną decyzję; w przypadku negatywnego rozstrzygnięcia dla beneficjenta, przysługuje skarga do NSA).