Jednymi z ważnych elementów umowy o dofinansowanie są postanowienie przewidujące ustanowienie zapieczeń jej należytego wykonania. Należy podkreślić, że jakiekolwiek uchybienia beneficjenta dot. ustanawiania zabezpieczeń mogą stać się podstawą wypowiedzenia umowy o dofinansowanie, a następnie żądania zwrotu dofinansowania. Podczas trwania zabezpieczeń, wypowiedzenie umowy przez Instytucję Wdrażającą skutkować może próbą podjęcia realizacji zabezpieczeń przez Instytucję Wdrażającą.
Najbardziej ryzykowanymi zabezpieczenia dla beneficjenta są:
- Zabezpieczenia w formie gwarancji bankowej lub
- Gwarancji ubezpieczeniowej
Instytucje udzielające ww. zabezpieczeń nie są zobowiązane ani uprawnione do weryfikacji zasadności żądania wypłaty sumy gwarancyjnej przez Instytucję Wdrażającą, np. czy rzeczywiście doszło do naruszenia obowiązków wynikających z umowy przez beneficjenta.
Beneficjent powinien podjąć działania zmierzające do wstrzymania realizacji zabezpieczeń do czasu rozstrzygnięcia sporu z Instytucją Wdrażającą.